Fue creado en 1985 con el propósito de integrar a la estructura del fútbol argentino a los clubes no afiliados, que hasta ese momento sólo habían participado en los Torneos Nacionales de Primera División. En él confluyeron equipos provenientes de la Primera "B" (hasta ese momento la segunda división) y de ligas del interior.
Si bien estuvo cerca en varias oportunidades, tardo más de 10 años en poder jugar en la máxima categoría del fútbol de ascenso desde su creación. En 1988/89, luego de lograr el histórico record de 44 partidos invictos, no ascendió a pesar de haber sido el mejor equipo del interior lo que tendría que haberle otorgado el ascenso, pero fue el único año en donde no hubo ascenso de equipo indirectamente afiliados a AFA.
En 1996 logró el ascenso (véase Argentino A), en la temporada 96/97 descendió nuevamente al Argentino A, pero logró el acenso en la siguiente temporada (97/98) para mantenerse durante varios años en el Nacional B.
Temporada 1998/99
En el regreso al Nacional B se produciría la mejor temporada del Santo en un torneo organizado por AFA. En la fase regular Juventud sacó 46 puntos en 30 partidos, consecuencia de 13 triunfos, 7 empates y 10 derrotas, con 44 goles a favor y 33 en contra, logrando de esta manera la clasificación al reducido por el segundo ascenso.
En este reducido, luego de dejar en el camino a Gimnasia y Tiro, El Porvenir, San Martín (T) y All Boys perdió la final con Chacarita.
Los siguientes son los partidos jugados por Juventud Antoniana en el reducido del Nacional B 1998/99
Primera ronda
Gimnasia y Tiro 0 vs 1 Juventud Antoniana (Lucco)
Juventud Antoniana 1 vs 2 Gimnasia y Tiro*
*Clasifica Juventud por mejor posición en la tabla general.
Octavos de Final
El Porvenir 1 vs 1 Juventud Antoniana
Juventud Antoniana 0 vs 0 El Porvenir
*Clasifica Juventud por mejor posición en la tabla general.
Cuartos de Final
San Martín (T) 0 vs 0 Juventud Antoniana
Juventud Antoniana 1 vs 0 San Martín (T)
Semifinal
Juventud Antoniana 2 vs 1 All BoysAll Boys 3 vs 5 Juventud Antoniana
Final
Juventud Antoniana 1 (Laspada) vs 1 Chacarita
Chacarita 1 vs 0 Juventud Antoniana
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